Der 2. Weltkrieg hinterlässt auch im PSCW seine Spuren. Viele Mitglieder sind an der Front und die ersten Todesmeldungen treffen ein. Doch hier bewährt sich die in vielen Jahren gewachsene Kameradschaft. Der Vorstand hält intensiven Kontakt mit allen an der Front kämpfenden Mitgliedern, z.B. durch das Weihnachtsheft 1941 "Wikinger Heimatgrüße", einer kleinen, mit Fotos illustrierten Broschüre, in der ausführlich über die Arbeit des Vereins im Jahr 1941 berichtet wird und das an alle Frontkämpfer verschickt wird.
Aber die Front rückt immer näher nach Berlin. Durch den verheerenden Luftangriff auf Potsdam am 14. April 1945 wurde auch das Gelände des PSCW durch Bomben in Mitleidenschaft gezogen. Viele Boote waren zerstört und das Clubhaus sowie die anderen Gebäude und die Steganlagen stark beschädigt. Das unbeaufsichtigte Gelände war der Plünderung preisgegeben. Alles was zum Ausbessern von Kriegsschäden oder als Brennmaterial verwendet werden konnte, verschwand nach und nach.
Mit dem Ende des 2. Weltkrieges schien auch das Ende dieses bis dahin so aktiven Sportvereins gekommen.
Potsdam tritt noch einmal in den Vordergrund der Geschichte. Am 17. Juli 1945 treffen sich die Repräsentanten der Siegermächte des 2. Weltkrieges und verabschieden das "Potsdamer Abkommen", das den Grundstein für die Teilung Deutschlands legt, die fast bis zum Ende dieses Jahrhunderts andauern sollte. Potsdam liegt in der sowj. besetzten Zone und gehört damit zur 1949 gegründeten DDR.
Damit war auch die weitere Zukunft des organisierten Sports vorgezeichnet, der nur noch im Rahmen des staatlich gelenkten Deutschen Turn- und Sportbund (DTSB) möglich war.